Hallo Jan,
wenn ich das so richtig sehe dann kommst du leider nicht herum für eine HTML Mail über das javax.mail zu gehen.
Wenn dir das wichtig ist kannst du auch ein Ticket erstellen das die NuclosMail Klasse um HTML Mails erweitert wird. Dann wird das in einer der kommenden Versionen übernommen.
Hoffe das hilft dir ein wenig weiter.